1) 총회 ( 큰 야단법석 )

온 배움터의의 최고 의결기관이며 , 매년 4 월 5 일 전후로 개교기념일 축제와 함께 열린다 .

2) 운영위원회

실제 배움터 운영에 관한 중요 사항들은 총회가 위임한 운영위원회에서 심의 의결한다 .
운영위원회는 온 배움터의 각 구성단위별로 온배움 과정대표 1 명, 전문과정대표 3 명 ( 각 과정당 1 명 ),녹지사 대표 3 명 , 청미래마을대표 1 명으로 구성되며, 사안에 대해 가능한 한 만장일치의 합의를 추구한다 . 각 단위를 대표하는 운영위원들은 제시된 안건에 대해 자신이 속한 단위의 의견을 충분히 수렴하고 운영위원회에 참여 하여야 하며 , 모든 안건은 산하의 위원회 ( 기획 , 인사 , 재정 , 학사 , 건축 ) 의 심의를 거치도록 되어 있다 .이는 모든 학교 구성원들의 의견을 잘 반영하고자 하는 수평적 의사결정체제를 의미하며 소수의 의견도 배려하는 공동체정신을 반영하려는 목적을 갖는다 .

3) 공동대표

4) 작은 야단법석

배움터 내의 생활과 관련되는 사안들을 샘과 물들이 참여하여 정기적으로 열리는 작은 야단법석에서 논의하고 의결한다 . 운영위원회와 상호보완적인 관계를 갖는다 .

5) 사무처
2008년 8월 신설되어 배움터의 사무행정, 홍보, 회원사업, 시설관리,연대사업 등의 실무를 맡고 있다. 온배움터의 실무집행기구이며 사무처는 사무처장이 총괄한다.